اتهم الفضلي بتورطه في محاولة تفجير مؤتمر التجارة العالمي في الدوحة عام 2000 أصبح الفضلي مطلوباً للسلطات السعودية والأمريكية وأدرِج اسمه في قائمة مجلس الأمن الارهابية في 2005 يعد الفضلي أحد قياديي القاعدة.
وكان مقربا من بن لادن أقام الفضلي في إيران ضمن مجموعة من عملاء القاعدة الذين هربوا من أفغانستان بعد 11 سبتمبر في عام 2012 ذكرت وزارة الخارجية الأميركية أن الفضلي هو قائد تنظيم القاعدة في إيران محسن فاضل إياد الفضلي كويتي الجنسية في الثالثة والثلاثين من عمره متواجد حاليا في محافظة الرقة بسوريا ، وهو أصغر مطلوب بأعلى جائزة قيمتها سبعة ملايين دولار رصدها المركز القومي الأمريكي لمكافحة الارهاب لمن يدلي بمعلومة تفيد بالقبض عليه.
بدأت حكاية الفضلي مع تهم "الارهاب" في عام 2000 وكان حينها في الـتاسعة عشر من عمره، ألقت السُّلطات الأمنية الكويتية القبض عليه بتهمة محاولة تفجير مؤتمر التجارة العالمي الذي عقد في العاصمة القطرية الدوحة.
لكنه بُرّئ من هذه التهمة لاحقاوقبل عام 2003 ألقت قوات الأمن الكويتية القبض عليه مجدداً مع آخرين بتهمة التورط في تفجير الناقلة الأمريكية (كول) قبالة السواحل اليمنية من خلال دعم الشبكة التي نفذت العملية بالتمويل المالي، وحكمت محكمة الجنايات الكويتية بسجنه خمس سنوات وأيدتها محكمة الاستئناف، لكن محكمة التمييز برأته وتم اطلاق سراحه.
لكنه اعتقل مرة أخرى بعد ورود تقارير استخباراتية تفيد بتورطه في مقتل عضو مجلس الحكم العراقي السابق عزالدين سليم وكذلك تقديم دعم مادي لمنفذي عملية اغتيال محمد باقر الحكيم رئيس المجلس الأعلى للثورة الإسلامية في العراق، لكن القضاء الكويتي برّأه من جديد.
آنذاك أصبح محسن الفضلي مطلوباً للسلطات السعودية والأمريكية وأدرِج اسمه في قائمة مجلس الأمن الارهابية في فبراير 2005 ، وظل متوارياً عن الأنظار حتى نوفمبر 2008 حيث اعترف أحد الناشطين المتشددين لجهات الأمن الكويتية بأنه زوّر وثائق سفر ساعدت محسن على الخروج من الكويت في أكتوبر 2008 متوجهاً عبر البحر الى ايران ومنها الى أفغانستان.
يعد الفضلي أحد قياديي هجمات القاعدة، وقد كان مقربا من بن لادن لدرجة أنه كان من بين مجموعة صغيرة من الأشخاص الذين يعلمون بشأن هجمات الحادي عشر من سبتمبر (أيلول) عام 2001 قبل وقوعها.
وقبل توجهه الى سوريا في منتصف عام ألفين وثلاثة، كان يقيم في إيران كجزء من مجموعة صغيرة من عملاء القاعدة الذين هربوا إليها من أفغانستان بعد هجمات 11 سبتمبر، واعترفت الحكومة الإيرانية انذاك بتواجد الفضلي على أراضيها مدعية انه ومجموعته كانوا تحت الإقامة الجبرية، وهذا ما تنفيه معومات قالت ان الفضلي ومن معه كان لديهم حرية الحركة والتصرف.
وفي عام 2012، ذكرت وزارة الخارجية الأميركية أن الفضلي هو قائد تنظيم القاعدة في إيران، وانه يوجه حركة الأموال والعملاء في جميع أنحاء البلاد.
وأوضحت المعلومات أن الفضلي، الذي يعد من أخطر الإرهابيين على مستوى العالم، انتقل من إيران إلى سوريا في منتصف 2013 وكان له الدور البارز والحاسم في انحياز الظواهري إلى جانب "جبهة النصرة" بقيادة "أبو محمد الجولاني"، في خلافها مع تنظيم "داعش" بقيادة أبو بكر البغدادي، واعتبارها الذراع الرسمية لـ"القاعدة" في سوريا، وهو ما يؤكد أن الفضلي رجل الظواهري الأول في سوريا وموضع ثقته.